В случае приостановки работы предприятия, у него остаются все обязанности юрлица и плательщика налогов

Поскольку предприятие не ликвидируется, у него остаются все обязанности, установленные действующим законодательством для юрлица и плательщика налогов.

Если предприятие зарегистрировано плательщиком НДС, оно обязано подавать налоговую отчетность по НДС в общем порядке (даже без отражения в ней операций). То же касается и других видов обязательной для предприятия налоговой отчетности (в частности, декларации по налогу на прибыль или единому налогу), финансовой отчетности предприятия. Все эти отчеты сдаются обязательно, независимо от того, осуществляло ли предприятие в отчетном периоде хозяйственные операции.  

А раз так, то эти отчеты кто-то обязан составлять, подписывать и подавать в контролирующие органы. Если это будут делать даже сторонние физлица, то им нужно за это платить. А оплата приводит к тому, что нужно будет подавать и отчеты по ЕСВ и НДФЛ. Поэтому проще оставить директора на неполном рабочем времени и выплачивать ему зарплату за фактически отработанное время. 

Некоторые специалисты рекомендуют в таком случае возложить обязанности по составлению отчетности, подписанию договоров и т.д. на учредителя (или одного из учредителей) протоколом собрания, на добровольной основе и бесплатно. Но другие специалисты (к ним часто относятся и налоговики, поскольку это фискальная точка зрения), опираясь на то, что такой порядок перекладывания обязанностей с директора на учредителей четко в законодательстве не прописан, говорят о том, что кто бы не выполнял указанные обязанности, это работа, за которую также нужно платить. Также при таком варианте перекладывания обязанностей предприятие будет иметь проблемы с другими органами – госрегистратором, банками, ПФУ и т.д. Поэтому данный вариант является спорным, практика по нему противоречива и может привести к штрафным санкциям для предприятия.