В книге доходов отражаются только те суммы, которые фактически поступили на текущий счет

Согласно подпункту 2 п.6 Порядка ведения Книги учета доходов и расходов, которую ведут физические лица - предприниматели, кроме лиц, избравших упрощенную систему налогообложения, и физические лица, осуществляющие независимую профессиональную деятельность, утвержденного приказом Министерства доходов и сборов Украины от 16.09.2013 №481, самозанятые лица заносят в Книгу сведения в следующем порядке  в графе 2 отражается сумма дохода, полученного от осуществления хозяйственной или независимой профессиональной деятельности с суммарным итогом за месяц, квартал, год, в частности, средства, поступившие на текущий счет, в кассу налогоплательщика или полученную наличными, сумму задолженности, по которой истек срок исковой давности, стоимость безвозмездно полученных товаров (работ, услуг).

Таким образом, в книге Вы должны отражать только те суммы, которые фактически поступили на текущий счет. Если банк удерживает свою комиссию за проведение расчётов через терминал до фактического зачисления средств (выручки от реализации товаров) на Ваш текущий счет, то такая комиссия ни как не отражается в составе доходов в книге учета доходов и расходов. В свою очередь такие суммы удержанных комиссий должны найти свое отражение в составе расходов предпринимателя в графах 5 и 6 или же в графе 8 книги учета доходов и расходов.