Таможенная стоимость используется исключительно для определения сумм таможенных платежей в бюджет (НДС, акцизного налога, пошлин и т.д.). В бухгалтерском и налоговом учете она не отображается.
Первоначальная стоимость (себестоимость) товаров определяется, в частности, исходя из сумм, уплаченных поставщику. Таким образом, на ту стоимость товаров, которую вы отразите в бухгалтерском учете при оприходовании, и в последствии (при признании налоговых расходов) в налоговом учете, влияет именно договорная стоимость (указанная в инвойсе), а не таможенная стоимость.