Відповідно до пункту 50.3 ПКУ, у разі якщо платник податків не подає уточнюючого розрахунку протягом 20 робочих днів після дати складення довідки про проведення електронної перевірки, якою встановлено порушення податкового законодавства, відповідний контролюючий орган має право на проведення позапланової перевірки платника податків за відповідний період.
У разі незгоди платника податків з висновками перевірки чи фактами і даними, викладеними в довідці, складеній за результатами електронної перевірки, платник ЄП зобов'язаний підписати таку довідку та має право подати свої заперечення, які є невід'ємною частиною такої довідки, разом з підписаним примірником довідки.
Заперечення на висновки, факти чи дані, які викладено в довідці, розглядаються контролюючим органом протягом п'яти робочих днів з дня їх отримання та платнику податків надсилається відповідь.
Як повідомляється у листі ДФСУ від 27.08.2014 р. №2402/6/99-99-22-03-01-15: «результати електронної перевірки узгоджуються у визначені терміни, що не перевищують термін надання платником податків уточненого розрахунку за результатами такої перевірки. При цьому оскарження в адміністративному або судовому порядку довідки про проведення електронної перевірки Кодексом не передбачено».