При смене работодателя базовым месяцем для начисления индексации будет месяц приема на работу

Сложно ответить на такой вопрос, не обладая всей информацией об етой ситуации. Однако, учитывая изложенное в вопросе, автор считает, что новый бухгалтер прав. И вот почему. 

Порядок проведения индексации утвержден постановлением КМУ от 17.07.2003 г. №1078 (далее – Порядок №1078). Согласно п. 5 данного Порядка одним из случаев определения, что является базовым месяцем для начисления индексации, является увеличения заработной платы работника. Если это происходит, то месяц, в котором зарплата работника (замечу – ее постоянная часть, например, оклад, или премия, доплаты, которые выплачиваются в каждом месяце) увеличивается, становится новым базовым месяцем. Скорее всего, именно поэтому, по предыдущему месту работы, не смотря на то, что приняты на работу вы были в феврале 2008 г., базовым месяцем был май 2008 года. 

Впервые базовый месяц для начисления индексации заработной платы определяется при приеме работника на работу. Поскольку индексация заработной платы осуществляется каждым последующим работодателем отдельно, независимо от того, как такая индексация проводилась на предыдущем месте работы. Если в сентябре 2010 г. вы сменили место работы со структурного подразделения райгосадминистрации на саму райгосадминистрацию, и при этом сменили работодателя (даже если эти организации и находятся в одной структуре исполнительной власти, даже подчиняются одна другой, но являются, по сути, разными юридическими лицами), то сентябрь 2010 г. будет новым базовым месяцем для начисления вам индексации на новом рабочем месте. Если же нет, и работать вы остались в той же организации, будучи просто переведенным из одного ее отдела в другой, то новый бухгалтер не прав, и сентябрь 2010 г. базовым месяцем  (если не было поднятия заработной платы) не будет.