Эсли ТЭО не облагать НДС, то как его отобразить в реестре налоговых накладных и в декларации по НДС?

По выдержке из договора с нерезидентом, которую Вы привели в своем вопросе, невозможно абсолютно достоверно определить характер правоотношений и вид заключенного договора. Возможно, хозяйственная операция квалифицирована неверно. Тем не менее, постараемся ответить на вопрос, исходя из приведенной формулировки договора.

Услуги транспортно-экспедиционного обслуживания, оказанные нерезиденту, не являются объектом налогообложения НДС (подпункт ж) п. 186.3 Налогового кодекса), поскольку местом поставки услуг в Вашем случае является место регистрации получателя таких услуг.

Операции налогоплательщика, которые не являются объектом налогообложения НДС, тем не менее, должны отражаться в реестре налоговых накладных, а также в декларации по налогу на добавленную стоимость.

Согласно п. 6 Порядка ведения реестра выданных и полученных налоговых накладных, утвержденного приказом ГНАУ №1002 от 24.12.2010г., в реестре отдельно учитываются операции по поставке товаров/услуг, которые облагаются налогом на добавленную стоимость по ставке 20% или 0%, освобожденные от налогообложения, а также те, которые не являются объектом налогообложения НДС.

В налоговой декларации по НДС, в соответствии с п. 3.5.раздела V Порядка заполнения и предоставления налоговой отчетности по налогу на добавленную стоимость, утвержденного Приказом ГНАУ №41 от 25.01.2011г., в строке 4 указывается объем операций по поставкам услуг за пределами таможенной территории Украины и услуг, место поставок которых определено в соответствии с пунктами 186.2, 186.3 статьи 186 раздела V Кодекса за пределами таможенной территории Украины.